תוכנית האימונים של הפנימייה הצבאית עוסקת בפיתוח מיומנויות ודפוסי חשיבה הנדרשים ממפקד לוחם בכל הרמות. האימונים הצבאיים הם תרגול מעשי של החומר התיאורטי הנלמד כחלק מהמגמה הצבאית וכחלק מתוכנית ההתחנכות בפנימייה. האימונים סובבים סביב שלושה צירים התפתחותיים של ניסיון מעשי והתנסות, כאשר כל אימון מחזק חלקים מסוימים בצירים מסוימים.

 תוכנית האימונים נגזרת מייעוד הפנימייה ועוסקת בפיתוח פיקוד ומנהיגות, אולם לפני העיסוק בפיקוד ומנהיגות יש לרכוש תחילה מיומנויות בסיסיות של לוחם שעל גביהן יפתח החניך גם את מיומנויות הפיקוד והמנהיגות. במונחים של הצבא, במובנים מסוימים, תוכנית האימונים קופצת מטירונות ישירות לקורס קצינים ומ"פים. 

הצירים לפיהם מתפתח החניך באימונים הצבאיים –

¬    מיומנויות לוחם – תפקידם לפתח אצל החניך תשתית בסיסית של קליעה שדאות ורובאות אשר ייצרו שפה משותפת ומקצועית להמשך התפתחותו באימונים המורכבים יותר.

¬    קרקע וניתוח שטח – תוכנית האימונים שמה דגש רב על מיומנויות של ניתוח קרקע ושטח לאור ההבנה שמיומנות זו היא הבסיס לכל פעולה צבאית מהרמה המיקרו טקטית ועד הרמה האסטרטגית והשליטה בה נותנת יתרון רב למפקד בשדה הקרב. עיסוק בציר זה כולל העמקה תיאורטית במסגרת לימודי טופוגרפיה והבניה מגמתית של הידע גם באימוני ניווט וגם בתרגילים של שטח פתוח ומשימות צבאיות מתגלגלות.

¬    פיקוד – הציר המרכזי של תוכנית האימונים אשר נסמך על הידע והמיוניות שנרכשו בצירים האחרים. בנוסף ציר זה נסמך גם על החומר התיאורטי הנלמד במגמה הצבאית במסגרת יסודות הפיקוד ועל ערכי הלחימה אשר באים לידי ביטוי בתוכנית החינוכית של הפנימייה.