הפנימייה הצבאית הוקמה בשנת התשמ"א (1980) ע"י הרמטכ"ל רפאל (רפול) איתן וראש ישיבות בני עקיבא, הרב חיים דרוקמן. בחזונם מטרת הפנימייה הייתה להכשיר את בני הנוער להוות את גרעין הקצונה בשדרת הפיקוד בצה"ל. מפקדה הראשון של הפנימייה היה סא"ל פנחס נעמן והפנימייה נפתחה במרכז שפירא כפנימייה תורנית צבאית לפיקוד.

אחריו פיקדו סא"ל נתי שכטר, סא"ל אדי דגן, סא"ל אילון היימן וסא"ל ליאור פרי. בשנת תשע"ט (2019) עברה הפנימייה מתפעול צה"ל למשרד הביטחון- האגף הביטחוני חברתי ופועלת כמקבילה לפנימייה הצבאית לפיקוד בחיפה. מפקדה הנוכחי של הפנימייה הצבאית הוא סא"ל (מיל') דורון הלל, בוגר הפנימייה.

מאז הקמתה ישנו תפקיד מרכזי לפנימייה הצבאית לתהליך פיתוח והכשרת המפקד בצה"ל. זאת בשל ההבנה את אופיו של מקצוע הפיקוד הצבאי הקרבי, העוסק בדיני נפשות ובסיכון חיי אדם המחייב את המפקד לרמת ידע מקצועי תיאורטי ומעשי גבוהה ולבסיס ערכי איתן.

הכשרתה של הפנימייה הינה ייחודית על פני שאר מסגרות חינוכיות בצה"ל ובאזרחות. השוחרים בפנימייה רוכשים בסיס ערכי ומקצועי כמי שאמורים לשמש כמפקדי העתיד בצה"ל. כחלק מהכשרתם המקצועית לומדים השוחרים במגמה ללימודי צבא וביטחון. בחופשות בתי הספר מתאמנים השוחרים ומיישמים את הידע התיאורטי הנלמד במסגרת המגמה הלכה למעשה. במקביל להכשרתם ולהתחנכותם בפנימייה, השוחרים לומדים כתלמידים מן המניין בישיבה התיכונית בנ"ע אור עציון. על כן נדרשים השוחרים לעמוד בכלל דרישות בית הספר ובסיום ההכשרה והלימודים מוסמכים כבוגרי הפנימייה הצבאית והישיבה.

כיום, קיימים ארבע שכבות גיל- כיתות ט' – יב'- כאשר כל שכבה נקראת "פלוגה" ומהווים כ-35 שוחרים.