"ההתעמלות, שצעירי ישראל עוסקים בה בארץ ישראל לחזק את גופם בשביל להיות בנים אמיצי כח לאומה, היא משכללת את הכח הרוחני של הצדיקים העליונים, העוסקים ביחודים של שמות הקדושים, להרבות הבלטת האור האלהי בעולם, ואין גילוי אור אחד עומד בלא חבירו כלל. (שמואל ב ח יג): "ויעש דוד שם", ו(שמואל ב ח טו): "דוד עשה משפט וצדקה לכל עמו", (שמואל ב ח טז): 'ויואב בן צרויה על הצבא'.."
[הראי"ה קוק זצ"ל, אורות התחיה, ל"ד]
חניכי הפנימייה הצבאית תורנית לפיקוד מתאמנים ועוברים תכנים מתחום הכושר הגופני
כחלק מפיתוחם האישי ומתוך רצון שבעתיד יהיו מפקדים בעלי ידע מקצועי בתחום הכושר הגופני ויהוו דוגמא אישית.
מסגרת האימון האזרחית מתבטאת בשלושה אימונים גופניים נוספים בשעות אחה"צ והערב.
תוכנית האימון הגופני בונה בצורה הדרגתית במשך ארבע שנים את הכושר של השוחרים לרמת:
- ריצה עד עשרה ק"מ
- מעבר מסלול מכשולים
- ביצוע אימוני כוח אשר מחזקים את שרירי הליבה
- היכרות עם מגוון סוגי אימון
מיומנויות הכושר הגופני הינם חלק מזהות חניכי ובוגרי הפנימייה.