חניכי הפנימייה הצבאית תורנית לפיקוד צומחים ועוברים תכנים מתחום הכושר הגופני, הכרת ארץ ישראל (תוכנית סיירות), תכנים עיוניים צבאיים (מגמה צבאית) ואימונים צבאיים מעשיים.
חלק ניכר מהפעילויות מוקדשות להקניית ידע ומיומנויות צבאיות כגון: כושר קרבי, ניווטים, שדאות, אימוני נשק וכד'.
במסגרת הלימודים העיוניים ילמדו השוחרים במגמה צבאית וייבחנו בתחומים הללו, כחלק מיחידות הלימוד הנדרשות לבגרות.

תוכנית האימונים של הפנימייה הצבאית עוסקת בפיתוח מיומנויות ודפוסי חשיבה הנדרשים ממפקד לוחם בכל הרמות. האימונים הצבאיים הם תרגול מעשי של החומר התיאורטי הנלמד כחלק מהמגמה הצבאית וכחלק מתוכנית ההתחנכות בפנימייה. האימונים סובבים סביב שלושה צירים התפתחותיים של ניסיון מעשי והתנסות, כאשר כל אימון מחזק חלקים מסוימים בצירים מסוימים.
תוכנית האימונים נגזרת מייעוד הפנימייה ועוסקת בפיתוח פיקוד ומנהיגות, אולם לפני העיסוק בפיקוד ומנהיגות יש לרכוש תחילה מיומנויות בסיסיות של לוחם שעל גביהן יפתח החניך גם את מיומנויות הפיקוד והמנהיגות. במונחים של הצבא, במובנים מסוימים, תוכנית האימונים קופצת מטירונות ישירות לקורס קצינים ומ"פים.
הצירים לפיהם מתפתח החניך באימונים הצבאיים –
¬ מיומנויות לוחם – תפקידם לפתח אצל החניך תשתית בסיסית של קליעה שדאות ורובאות אשר ייצרו שפה משותפת ומקצועית להמשך התפתחותו באימונים המורכבים יותר.
¬ קרקע וניתוח שטח – תוכנית האימונים שמה דגש רב על מיומנויות של ניתוח קרקע ושטח לאור ההבנה שמיומנות זו היא הבסיס לכל פעולה צבאית מהרמה המיקרו טקטית ועד הרמה האסטרטגית והשליטה בה נותנת יתרון רב למפקד בשדה הקרב. עיסוק בציר זה כולל העמקה תיאורטית במסגרת לימודי טופוגרפיה והבניה מגמתית של הידע גם באימוני ניווט וגם בתרגילים של שטח פתוח ומשימות צבאיות מתגלגלות.
¬ פיקוד – הציר המרכזי של תוכנית האימונים אשר נסמך על הידע והמיוניות שנרכשו בצירים האחרים. בנוסף ציר זה נסמך גם על החומר התיאורטי הנלמד במגמה הצבאית במסגרת יסודות הפיקוד ועל ערכי הלחימה אשר באים לידי ביטוי בתוכנית החינוכית של הפנימייה.
להרחבה ופירוט אודות האימונים לחצו על התמונה הבאה:

"ההתעמלות, שצעירי ישראל עוסקים בה בארץ ישראל לחזק את גופם בשביל להיות בנים אמיצי כח לאומה, היא משכללת את הכח הרוחני של הצדיקים העליונים, העוסקים ביחודים של שמות הקדושים, להרבות הבלטת האור האלהי בעולם, ואין גילוי אור אחד עומד בלא חבירו כלל. (שמואל ב ח יג): "ויעש דוד שם", ו(שמואל ב ח טו): "דוד עשה משפט וצדקה לכל עמו", (שמואל ב ח טז): 'ויואב בן צרויה על הצבא'.." (הראי"ה קוק זצ"ל, אורות התחיה, ל"ד)
חניכי הפנימייה הצבאית תורנית לפיקוד מתאמנים ועוברים תכנים מתחום הכושר הגופני
כחלק מפיתוחם האישי ומתוך רצון שבעתיד יהיו מפקדים בעלי ידע מקצועי בתחום הכושר הגופני ויהוו דוגמא אישית.
מסגרת האימון האזרחית מתבטאת בשלושה אימונים גופניים נוספים בשעות אחה"צ והערב.
תוכנית האימון הגופני בונה בצורה הדרגתית במשך ארבע שנים את הכושר של השוחרים לרמת:
מיומנויות הכושר הגופני הינם חלק מזהות חניכי ובוגרי הפנימייה.

סיירות היא קודם כל ביטחון עצמי בשטח.
לאחר מכן היא גם היכולת לנתח את השטח לא רק ברמה של קריאת מפה אלא בהבנת ההיגיון מאחורי כל הגורמים הטבעיים והמלאכותיים הפזורים בשטח ומיקומם.
תכנית הסיירות באה לתת כלים להבנה של הקשר בין המבנה הגיאולוגי וההידרולוגי של השטח לתפרוסת הדרכים וההתיישבות ולהיסטוריה.
התכנית תעזור לשוחר בייעודו כמפקד בהרבה יישומים החל מהיישום המבצעי בתפיסה המרחבית, בחירת צירים ויזימת פעולות וכלה בפן האישי של רתימת הלוחמים למשימה ע"י חיבורם למקום ולמרחב.
במהלך התכנית יתמודד השוחר עם הכרות של המרחב, עם יציאה לשטח ויציאה מאזור הנוחות שלו.
כמו כן הוא יתמודד עם אחריות אישית והתנהלות בקבוצה.
התמודדות זו תפתח אצל השוחר את הערכים של עמידה בזמנים, עמידה במשימה, גיבוש חברתי וחשוב מכל- אהבת הארץ.
"ראשינו בעמקי תורתה, כפינו ברגבי אדמתה" (הרב נריה זצ"ל)
סיירות מתקיימת בפלטפורמה הבאה:

אחד מתחומי הליבה, המשקף את ייחודיות הפנימייה הינו התחום הצבאי.
חלק ניכר מהפעילויות מוקדשות להקניית ידע ומיומנויות צבאיות כגון: כושר קרבי, ניווטים, שדאות, אימוני נשק וכד'.
במסגרת הלימודים העיוניים ילמדו השוחרים במגמה צבאית וייבחנו בתחום, כחלק מיחידות הלימוד הנדרשות לבגרות.
במהלך הלימודים במגמה צבאית יפגשו השוחרים עם תכנים כגון: יסודות הפיקוד, היסטוריה צבאית, קרבות ארץ ישראל וטכנולוגיה צבאית.
להורדת סילבוס לימודי צבא וביטחון לחץ כאן
העיסוק בצביון הצבאי הינו דרך חינוכית הרואה בסממנים הצבאיים תשתית לעיצוב דמותו ומנהיגותו של השוחר.
סממנים אלו הינם אמצעי ולא מטרה- היוצרים את הזיקה והמחוייבות של השוחר לאתגרי השירות המצפה לו כפקד קרבי בצה"ל.
לפיכך, אורח החיים בפנימייה משלב כללי התנהגות ומשמעת צבאיים (מסדרים, כללי הופעה, עמידה בזמנים וכד') הנשמרים בקפדנות.