"וזכרת את ה' אלוקיך כי הוא הנותן לך כוח לעשות חיל" (דברים ח',י"ח)

התפיסה החינוכית בפנימייה רואה בעיסוק התורני- רוחני את מקור העוצמה ממנו יונקת מסירותנו לכלל ישראל ולארץ ישראל.

חיבור המעשה הצבאי והיומיומי מעצים את היכולת לשלב בין עדינות ומוסר לרוח קרב (כדוגמת דוד המלך, אשר מכונה במסכת מועד קטן "עדינו העצני"- שכשהיה יושב ועוסק בתורה היה מעדן עצמו כתולעת ובשעה שיוצא למלחמה היה מקשה עצמו כעץ) והופך רעיונות אידיאליים ונשגבים לחיי מעשה.

לפיכך, כל פעולה ומעשה בפנימייה- קטנים וגדולים- מכוונים לרוח האידיאלית של אהבת ה' וישראל, בטהרת לב והוויית הלוחם והמפקד הישראלי.

לימודי הקודש בפנמ"צ נלמדים בישיבה התיכונית "אור עציון", הסמוכה לפנמ"צ, ובמסגרת לימודים אלו ניגשים השוחרים ל- 5 יחידות לימוד מוגבר במקצועות הקודש.

"לעזרת ה' בגיבורים"(שופטים ה, כג)- "כביכול, שמי שהוא עוזר את ישראל, כעוזר את השכינה"(רש"י)